このため、1913（大正2）年、北里柴三郎博士の強力なリーダーシップの下に、本会の先駆けとなった日本結核予防協会が設立され、様々な療養施設の開設や普及啓発活動が民間を中心に行われてきました。しかし、その後も結核の勢いはとまらず、1931（昭和6）年から満州事変が始まり、軍に入隊する青年を結核から守ることなどが、当時社会全体の喫緊の課題になり、1938（昭和13）年には厚生省が設立されました。
【結核予防会設立後の取り組み】
設立から終戦までの草創期：1939（昭和14）年の令旨奉載結核予防国民運動や東京での結核予防展覧会など本会発展の基盤が構築されました。
戦後から1965（昭和40）年まで：複十字の名前にちなんで結核で苦しむ人々のために複十字シール募金（https://www.jatahq.org/headquarters/seal/seal/）が始まりました。また、長野県の学童の集団発生を契機に結核予防婦人会が誕生しました。
1965（昭和40）年から今日まで：1960（昭和35）年から1980（昭和55）年までの20年間で、結核罹患率は、年間10％という世界的にも稀な速度で減少しました。その後1990年代の後半には罹患率などの一時上昇がみられ、1999（平成11）年には、結核緊急事態宣言が発出されましたが、全体としては我が国の結核対策は確実に前進しました。
こうした背景を踏まえ、本会は2007（平成19）年、新たに、①国内の結核対策、②結核問題に関する国際協力の推進、強化、③慢性閉塞性肺疾患（COPD）、肺がんなど非結核性呼吸器疾患の対策、④結核対策の経験を生かした生活習慣病対策（特に健康診断）を活動の4本柱と位置づけました。こうした活動を背景に、本会は2010（平成22）年に公益財団法人として認可されました。
さらに、1994（平成6）年以降は、秋篠宮妃殿下（現皇嗣妃殿下）を総裁として推戴し、妃殿下には様々な活動に参加していただいております。総裁秋篠宮皇嗣妃殿下は、2018（平成30）年に国際結核肺疾患予防連合（IUATLD）の名誉会員の称号を受けられました。